MySQL NOT IN заявката не работи

Има ли NULL в taxon_name_element.parent_id ?

Запитването...

select taxon_id 
from taxon_name_element
where taxon_id not in (
    select parent_id
    from taxon_name_element
)

...е еквивалентно на...

select taxon_id 
from taxon_name_element
where
    taxon_id <> parent_id_1
    AND taxon_id <> parent_id_2
    ...
    AND taxon_id <> parent_id_N

...където parent_id_X са действителните стойности, които в момента са в parent_id колона. Ако дори едно от тях е NULL, съответният taxon_id <> parent_id_X изразите ще се „свият“ в NULL, плъзгайки целия израз WHERE с него.

Филтрирайте NULL, за да получите това, което искате:

select taxon_id 
from taxon_name_element
where taxon_id not in (
    select parent_id
    from taxon_name_element
    where parent_id is not null
)