Грешка при инициализиране на MySQL база данни при Spring Boot със съхранени процедури

Отговорът се оказа много прост. Spring Boot има свойство разделител на DataSource, което може да бъде зададено във файла application.properties:

spring.datasource.separator=^;

След това във файла schema.sql всички ; изразите, които не са в рамките на съхранената процедура, трябва да бъдат актуализирани с новия разделител.

DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()

BEGIN
  SELECT * from `database`.employees;
END ^;