Задайте максимално време за изпълнение в MYSQL / PHP

Можете да го направите, като зададете set_time_limit във вашия php код (задайте 0 за без ограничение)

set_time_limit(0);

Или промяна на стойността на max_execution_time директно във вашия php.ini

;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
; Resource Limits ;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;

; Maximum execution time of each script, in seconds
; http://php.net/max-execution-time
; Note: This directive is hardcoded to 0 for the CLI SAPI
max_execution_time = 120  

Или го промените с ini_set()

ini_set('max_execution_time', 120); //120 seconds

но имайте предвид, че за тази 3-та опция :

Източник www.php.net