Опитвали ли сте mysql_ping()
?
Актуализация: От PHP 5.5 нататък използвайте mysqli_ping() вместо това.
Като алтернатива, втори (по-малко надежден) подход би бил:
$link = mysql_connect('localhost','username','password');
//(...)
if($link == false){
//try to reconnect
}