Имахме същия проблем в производствена система с Tomcat6+Hibernate+MySQL (и Spring в нашия случай) и единственото надеждно решение, което намерихме, беше да зададем времето за изчакване на връзката на голяма стойност в конфигурацията на MySQL. Не мога да си спомня подробностите, но смятам, че имаше проблем с основния commons-pool код, когато потвърди, че обединеният ресурс е валиден.
Друга възможност, която не опитахме, беше да използваме алтернативен механизъм за пулиране на връзки, различен от DBCP. Следващият опит ще бъде C3PO
