Току що се натъкнах на това. Инсталацията на mysql беше малко странна и липсваше/var/run/mysqld/
MySQLd се опитваше да създаде сокета и файла за заключване, но липсваше родителската директория. Просто създадох директорията
sudo mkdir /var/run/mysqld
chowned го на mysql
sudo chown mysql:mysql /var/run/mysqld
След това успях да стартирам mysqld нормално.
