$query = mysql_query("UPDATE article set com_count = $comments_count WHERE article_id = $art_id");
Объркахте кавичките и конката.
Можете да използвате вградени променливи като предишния пример или да ги конкатирате като:
$query = mysql_query("UPDATE article set com_count = " . $comments_count . " WHERE article_id = " . $art_id);