Изглежда, че трябва да зададете useAffectedRows в свойствата на драйвера ръчно.
Получих решението след малко гугъл. Можете да препоръчате тази грешка в MySql за тази INSERT ON DUPLICATE KEY UPDATE връща 0, ако няма промяна в JDBC ExecuteUpdate
Също така в дискусията се посочва, че са го пуснали в 5.1.7
РЕДАКТИРАНЕ за втория ви въпрос:
useAffectedRows :
По подразбиране:false
От версия:5.1.7
Справка useAffectedRows в JDBC Connector-j
