AFAIK единственият начин за правене на инкрементални архиви е чрез използване на двоичен дневник. Имате други опции, ако искате да направите пълно архивиране (InnoDB hotcopy), но инкременталното означава, че трябва да регистрирате всички направени транзакции.
Трябва да се запитате защо архивирате данни. Тъй като имате подчинен за репликация, предполагам, че резервното копие е основно за връщане на данни в случай на случайно изтриване?
Вероятно ще завъртя логовете на всеки 1 час и ще направя резервно копие. Това означава, че възстановяването ще остави данните най-стари от 1 час и можете да възстановите до всеки момент от последната пълна моментна снимка.