Имах същия проблем. В моя случай просто изпълних командата по-долу, свързана с моята база данни от Workbench:
SET SESSION old_passwords=0;
SET PASSWORD FOR my_user=PASSWORD('my_password');
След това бих могъл да се свържа с помощта на MySql Connector 6.6.5 в кода на c# с общия низ за свързване на mysql:
"server=my_server_ip;user=my_user;database=my_db;port=3306;password=my_password;"