Сблъсках се с подобна ситуация, при която InnoDB беше деактивиран след надстройка на mysql-сървър. Заявката „покажи двигатели " не показва Innodb . Следвайки тази връзка реши проблема вместо мен.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart
