Таблицата е посочена два пъти, и като цел за 'UPDATE' и като отделен източник за данни в mysql

Това е типично нещо за MySQL и обикновено може да бъде заобиколено, като изберете от получената таблица, т.е. вместо

FROM manager AS m2

използвайте

FROM (select * from manager) AS m2

Пълното изявление:

UPDATE manager
SET status = 'Y'
WHERE branch_id IN
(
  select branch_id
  FROM (select * from manager) AS m2
  WHERE (branch_id, year) IN
  (
    SELECT branch_id, year
    FROM branch_master
    WHERE type = 'finance'
  )
);