Реши го! Въпросът беше да се свърже с правилния сървър при създаването на самия тунел - трябваше да видя, че идва.
ssh -f [email protected] -L 3307:mysql1.example.com:3306 -N
След това mysql -h 127.0.0.1 -P 3307
работи по предназначение. :)