Опитайте да използвате SQL_NO_CACHE (MySQL 5.7) опция във вашата заявка. (Потребителите на MySQL 5.6 щракват върху ТУК )
напр.
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM TABLE
Това ще спре MySQL кеширането на резултатите, но имайте предвид, че други кеши на ОС и дискове също могат да повлияят на производителността. Те са по-трудни за заобикаляне.