Много вероятно вашите sourcecodes_tags таблицата съдържа sourcecode_id стойности, които вече не съществуват във вашите sourcecodes маса. Първо трябва да се отървете от тях.
Ето заявка, която може да намери тези идентификатори:
SELECT DISTINCT sourcecode_id FROM
sourcecodes_tags tags LEFT JOIN sourcecodes sc ON tags.sourcecode_id=sc.id
WHERE sc.id IS NULL;