Е, най-накрая го разбрах - въпреки че това е малко метод на груба сила. Вътре в инструментите за администриране трябваше да стартирам catalog.sql и catproc.sql - които пресъздадоха sys обектите.
Това, последвано от utlrp.sql разреши всичките ми проблеми и сега всички обекти са успешно компилирани.
