Оказва се, че проблемът изобщо не е в WebSphere или Oracle, а в нашата конфигурация. Използваме Spring AOP за транзакции. Имаме и няколко уеб проекта, които обединяваме, преди да внедрим в WebSphere. По време на сливането се оказахме с няколко (по-точно 9) файла applicationContext.xml, които настройват AOP. Така за всяко извикване на метод, обвит в транзакция, имахме 9 създадени транзакции.
В крайна сметка достигнахме ограничението на Oracle за броя глобални транзакции, които могат да участват в една транзакция, и получихме тази грешка.
Дума на мъдрите ... внимавайте с транзакциите, управлявани от AOP :)