Пребройте броя на стойностите на id

Направете GROUP BY , използвайте COUNT (което отчита само ненулеви стойности):

select id,
       count(value1) as value1,
       count(value2) as value2,
       count(value3) as value3
from table1
group by id

Редактиране :

Ако стойностите не са null, а '.' (или нещо друго), използвайте case изрази за извършване на условно броене, нещо като:

select id,
       count(case when value1 <> '.' then 1 end) as value1,
       count(case when value2 <> '.' then 1 end) as value2,
       count(case when value3 <> '.' then 1 end) as value3
from table1
group by id