Опитвам се да извлека колона XMLTYPE от таблица на Oracle с помощта на JDBC и имам някои проблеми

Не можете да извлечете това като низ (varchar), поради ограниченията на дължината на varchar (4000 байта). Изберете го като CLOB:

    String query = "SELECT TBL.XMLTYPECOLUMN.GETCLOBVAL() FROM TABLE TBL";
    rs = stmt.executeQuery(query);
    xmlClob = (Clob) rs.getClob(1);

http://kodehelp.com/how- за четене-xmltype-column-from-database-using-jdbc/