Мисля, че можете да избегнете проблема, като замените празния текст с временна стойност, актуализирате целия останал текст и след това замените временната стойност с нула.
Не разбирам XPath, вероятно има много по-добър начин да направите това, но това изглежда работи:
SELECT
--#3: Replace the temporary value with null, this keeps the start and end tag
UpdateXML(
--#2: Replace everything but the temporary value
UpdateXML(
--#1: Replace empty text with a temporary value
UpdateXML(xmlData, '/TEST/VALUE[not(text())]', '<VALUE>TEMPORARY VALUE</VALUE>')
,'/TEST/VALUE[text()!="TEMPORARY VALUE"]/text()', 'hello')
,'/TEST/VALUE[text()="TEMPORARY VALUE"]/text()', null) examle
FROM (SELECT XMLType('<TEST><VALUE>hi</VALUE><VALUE>hola</VALUE><VALUE></VALUE></TEST>') as xmlData FROM DUAL);