По-добре късно, отколкото никога)
Ако използвате първо код и класове за ръчно съпоставяне, използвайте конфигурация HasColumnType("INT") за int свойства.
Например:
var entity = builder.Entity<APP_TABLE>();
entity
.HasKey(x => x.ID)
.ToTable("APP_TABLE", "SCHEMA");
entity
.Property(x => x.ID)
.HasColumnType("INT");