Забелязах, че това започна да ми се случва днес, известно време след като вече бях актуализирал до .NET Core 3 за моя проект и нямах проблеми. Оказва се, че скелето по подразбиране, използвано при добавяне на празен mvc контролер чрез Solution Explorer, ще добави препратки към EF Core 3 във вашия уеб проект. Не използвам EF Core в нашите производствени уеб проекти. За мен това беше конфликт с тестовия проект, който използваме, който използва различна версия на EF Core за някои подигравки с база данни.
Както и да е, за момента просто няма да добавям контролери чрез опциите на студиото, за да не се случи това.