Когато правя MERGE в Oracle SQL, как мога да актуализирам редове, които не съответстват в SOURCE?

Можете да го направите с отделен оператор UPDATE

UPDATE report.TEST target
SET    is Deleted = 'Y'
WHERE  NOT EXISTS (SELECT 1
                   FROM   main.TEST source
                   WHERE  source.ID = target.ID);

Не знам за някакъв начин да интегрирам това във вашия оператор MERGE.