... където count(col)> 1

Използвайте having клауза за сравняване на агрегати.

Освен това трябва да групирате според това, спрямо което обобщавате, за да работи заявката правилно. Следващото е начало, но тъй като ви липсва група по клауза, все пак няма да работи съвсем. Какво точно се опитвате да преброите?

select fk, count(value) 
from table 
group by fk
having count(value) > 1;