Това е един от начините да го направите. Първо подреждане по числото преди .
и след това с числата след .
select version_number
from mytable
order by substr(version_number, 1, instr(version_number,'.')-1) desc
,length(substr(version_number, instr(version_number,'.')+1)) desc
,substr(version_number, instr(version_number,'.')+1) desc