За да ви дам отговор как да използвате пакетиране с fluent:
1) върху колекцията
HasMany<MyEntity>(x => x.Entities)
.BatchSize(100);
2) на ниво клас
public MyEntityMap()
{
Id(x => x....
...
BatchSize(100);
Това съответства на 19.1.5. Използване на пакетно извличане