Мисля, че проблемът идва от факта, че генераторът на последователности всъщност не е генератор на последователности, а генератор на последователност hilo, с размер на разпределение по подразбиране от 50. както е посочено в документацията:http://docs.jboss.org/ hibernate/stable/annotations/reference/en/html_single/#entity-mapping-identifier
Това означава, че ако стойността на последователността е 5000, следващата генерирана стойност ще бъде 5000 * 50 =250000. Добавете стойността на кеша на последователността към уравнението и това може да обясни огромната ви първоначална празнина.
Проверете стойността на последователността. Трябва да е по-малко от последния генериран идентификатор. Внимавайте да не инициализирате повторно последователността до тази последна генерирана стойност + 1, защото генерираната стойност ще нарасне експоненциално (имахме този проблем и имахме отрицателни цели числа поради препълване)