Най-накрая "разрешете" проблема с компилирането от източника postgis 2.2.2 (който също изисква gdal, proj4 и geos) и след това издаване
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
тъй като DROP EXTENSION postgis;
ми казва, че postgis вече не е присъствал.
И накрая:
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
Получих отново достъп до моите geom данни и функции от PostgreSQL 9.4. Изглежда, че компилирането от източник актуализира правилно пътя на променливата за postgresql и инсталира /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.so, така че вече не присъстваше (за postgis-2.1.so също), дори с (пре)инсталиране от apt-get.
Надяваме се, че това ще помогне.