Просто преобразувайте към низ:
db.session.query(Vehicle).filter(str(Car.id) == Vehicle.value)
ако Car.id
е локална променлива, която е int.
Ако трябва да използвате това в съединение, накарайте базата данни да го преобразува към низ:
from sqlalchemy.sql.expression import cast
db.session.query(Vehicle).filter(cast(Car.id, sqlalchemy.String) == Vehicle.value)
Ако стойността на низа в другата колона съдържа цифри и евентуално интервал може да се наложи да помислите за изрязване или вместо това да преобразувате стойността на низа в цяло число (и да оставите колоната с цели числа като цяло число).