Използване на UNNEST с JOIN

Технически вашата заявка може да работи по следния начин (не съм напълно сигурен за целта на тази заявка):

SELECT 9 AS keyword_id, count(DISTINCT m.id) AS total, t.parent_id AS tag_id
FROM  (
    SELECT  unnest(m.taglist) AS tag_id
    FROM    mentions m
    WHERE   m.search_id = 3
    AND     9 = ANY (m.taglist)
    ) m 
JOIN   tags t  USING (tag_id) -- assumes tag.tag_id!
GROUP  BY t.parent_id;

Струва ми се обаче, че тук вървите в грешна посока. Обикновено човек би премахнал излишния масив taglist и запазите нормализираната схема на базата данни. Тогава оригиналната ви заявка трябва да служи добре, само съкратете синтаксиса с псевдоними:

SELECT 9 AS keyword_id, count(DISTINCT m.id) AS total, t.parent_id AS tag_id
FROM   mentions m
JOIN   taggings mt ON mt.mention_id = m.id
JOIN   tags     t  ON t.id = mt.tag_id
WHERE  9 = ANY (m.taglist)
AND    m.search_id = 3
GROUP  BY t.parent_id;

Разгадайте мистерията

<rant> Основната причина за вашите „различни резултати“ е неудачната конвенция за именуване, която някои интелектуално оспорват ORM наложи на хората.
Говоря за id като име на колона. Никога не използвайте този анти-модел в база данни с повече от една таблица. Точно така, това означава основно всеки база данни. Веднага щом се присъедините към група маси (това правите в база данни) завършвате с куп колони с имена id . Напълно безсмислено.
Колоната ID на таблица с име tag трябва да бъде tag_id (освен ако няма друго описателно име). Никога id .</rant>

Вашата заявка неволно брои tags вместо mentions :

SELECT 25 AS keyword_id, count(m.id) AS total, t.parent_id AS tag_id
FROM  (
    SELECT unnest(m.taglist) AS id
    FROM   mentions m
    WHERE  m.search_id = 4
    AND    25 = ANY (m.taglist)
    ) m
JOIN   tags t USING (id)
GROUP  BY t.parent_id;

Трябва да работи по следния начин:

SELECT 25 AS keyword_id, count(DISTINCT m.id) AS total, t.parent_id
FROM  (
    SELECT m.id, unnest(m.taglist) AS tag_id
    FROM   mentions m
    WHERE  m.search_id = 4
    AND    25 = ANY (m.taglist)
    ) m
JOIN   tags t ON t.id =  m.tag_id
GROUP  BY t.parent_id;

Също така добавих обратно DISTINCT към вашия count() които се изгубиха по пътя във вашата заявка.