Успях да реша проблема. Няма начин да зададете свойството в низа за връзка или някое от свойствата на NpgsqlConnection или NpgsqlCommand .
Въпреки това успях да задам стойността на client_encoding в заявка. Така че директно след отваряне на връзката първо изпълних (не)заявката:
set client_encoding = 'WIN1252'
След това всяка следваща команда на същата връзка използва правилното кодиране и връща резултатите без оплаквания.
