В моя случай ръчно създадох скрипт за миграция на sql. Това обаче може да не работи, ако решите да използвате друга база данни.
operations = [
migrations.RenameModel(
old_name='Permission',
new_name='TemplatePermission',
),
migrations.RunSQL('alter sequence myapp_permission_id_seq rename to myapp_templatepermission_id_seq;'),
]