как да предотвратите дубликати с вътрешна заявка за присъединяване (Postgres)

В този случай е възможно да се приложи distinct преди join вероятно го прави по-ефективен:

select fb.* 
from
    formulation_batch fb
    inner join
    (
        select distinct formulationbatch_id
        from formulation_batch_component
        where component_id in (1, 2)
    ) fbc on fb.id = fbc.formulationbatch_id 
where fb.project_id = 1

Забележете как да използвате псевдоним за имената на таблиците, за да направите заявката по-ясна. Също след това in операторът е много удобен. Използването на двойни кавички с тези идентификатори не е необходимо.