Намерих решение на проблема. Чрез поставянето на protocolVersion=2 в URL адреса на JDBC, той основно казва на JDBC драйвера на Postgres да не използва подготвени изрази от страна на сървъра. Това позволява на приложението ми да работи, докато използвам PGPool II пред моята база данни. Притеснявам се от факта, че трябва да се върна към протокола JDBC версия 2 само за да използвам PGPool.