Присъединете се към CTE в SQLAlchemy

Вторият аргумент на Query.join() в този случай трябва да бъде пълното ON клауза, но вместо това предавате 3 аргумента на join() . Използвайте and_() за комбиниране на предикатите, както се прави в необработения SQL:

already_in_db_query = db.session.query(MyModel)\
    .join(cte,
          and_(cte.c.field1 == MyModel.field1,
               cte.c.field2 == MyModel.field2),
    ).all()