Ако не е задължително да правите това в SQL, можете просто да сортирате върнатия списък с обекти директно в python.
Пример (с помощта на сортирани на python функция)
results = session.query(user).filter(user.id.in_(A)).all()
results = sorted(results, key=lambda o: A.index(o.id))
