Имам същия проблем и по някаква причина отнема много време за извличане на JDBC метаданни за хибернация. Можете просто да изключите използването на jsbc метаданни за хибернация и това ще стане много бързо. Но не забравяйте, че hibernate не използва jdbc метаданни и вместо това ще използва някои настройки по подразбиране.
За да изпробвате това, задайте hibernate.temp.use_jdbc_metadata_defaults
на невярно.
<prop key="hibernate.temp.use_jdbc_metadata_defaults">false</prop>