Най-лесният отговор е да не се опитвате да правите това. Вместо това направете вашите Alembic миграции да представляват пълното оформление на базата данни. Тогава всички миграции, които правите, ще се основават на промените в съществуващата база данни.
За да направите начална миграция, ако вече имате база данни, временно посочете празна база данни и изпълнете alembic revision --autogenerate -m "base" . След това посочете обратно към действителната база данни и стартирайте alembic stamp head да се каже, че текущото състояние на базата данни е представено от последната миграция, без реално да се изпълнява.
Ако не искате да направите това по някаква причина, можете да изберете да не използвате --autogenerate и вместо това генерирайте празни ревизии, които попълвате с желаните от вас операции. Alembic няма да ви попречи да направите това, просто е много по-малко удобно.
