Първо вижте https://jdbc.postgresql.org/documentation/83/query.html#query-with-cursor.
Реших нещата така.
(jdbc/with-db-transaction [tx connection]
(jdbc/query tx
[(jdbc/prepare-statement (:connection tx)
"select * from mytable"
{:fetch-size 10})]
{:result-set-fn (fn [result-set] ...)}))
където :result-set-fn е функция, която консумира набора от мързеливи резултати.
with-db-transaction се грижи за autoCommit зададен на false .:fetch-size не се предава от query така че трябва да направите prepare-statement себе си.