Имате нужда от позиционния оператор $ :
Model.update({_id: ObjectId("5e5d0d870fc69641a41a3c65"), "messages.user": ObjectId("5e57d64d92cc878760086980")}, { $set: { "messages.$.received": true } })
Имате нужда от позиционния оператор $ :
Model.update({_id: ObjectId("5e5d0d870fc69641a41a3c65"), "messages.user": ObjectId("5e57d64d92cc878760086980")}, { $set: { "messages.$.received": true } })