Не съм сигурен дали искате да използвате MongoDB скриптове или езика на приложението си (Nodejs, ако греша)
Ето как работи на Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Ако това не е това, което искате, моля, актуализирайте публикацията си и добавете кой език/рамка използвате