Как да броим елементи в списък със списъци

Можете да $match към version поле и $map който повтаря mol и $size за изчисляване на дължината на полето с данни.

db.collection.aggregate(
    [{
        $match: {
            "versionA": "2.1.2"
        }
    }, {
        $project: {
            _id: 0,
            "project": 1,
            "scene": 1,
            "mol": {
                $map: {
                    input: "$mol",
                    as: "mo",
                    in: {
                        $size: "$$mo.data"
                    }
                }
            }
        }
    }]
)