Аз също не виждам друг начин, прилагах такова нещо преди и нямах проблем.
Във вашия случай трябва да е sth така, предавате $follower_ids
на определен потребител масив като аргумент на вашата функция:
$query = array("status_owner_id" => array('$in' => $follower_ids));
$cursor = $mongo->yourdb->statuses->find($query);
И ако индексирате състояния (ако имате достатъчно ram за това) при owner_id, ще получите резултатите много бързо.
Надявам се да помогне, Синан.