console.log не показва очакваните свойства на обекта

Вероятно имате обект на документ вместо обикновен обект. Те имат персонализиран toJSON метод което дава само свойствата на вашата схема и _id , но нищо друго. Ако копирате този метод с вашия for-in-loop върху appointment обект, той също ще бъде сериализиран по различен начин, когато се регистрира.

Опитайте

for (var key in appointmentsDB[i].toObject()) {
    appointment[key] = appointmentsDB[i][key];    
}

appointment.test= "res";

console.log(appointment);