Извадете поддокументите от колекцията в сборния конвейер

Както споменахте, трябва да прегрупирате размотаните, филтрирани документи обратно в оригиналната им форма. Можете да направите това с $group :

Collection.aggregate([
        { $match:
            { _id: ObjectID(collection_id) }
        },
        { $unwind: "$images" },
        { $match:
            { "images.deleted": null }
        },

        // Regroup the docs by _id to reassemble the images array
        {$group: {
            _id: '$_id',
            name: {$first: '$name'},
            images: {$push: '$images'}
        }}

    ], function (err, result) {
    if (err) {
        console.log(err);
        return;
    }
    console.log(result);
});