Реших проблема, трябваше да приложа $match преди и след $unwind :
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.match(Criteria.where("descA").is(alertName)),
//regex(".*"+date+".*")
Aggregation.unwind("alertsources"),
Aggregation.unwind("descA"),
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.group().count().as("count")
Цялата заслуга е на @Нийл Лън , след като направих проучване, намерих оригиналния му отговор по въпроса.