Групирайте по ден с множество полета за дата

Можете също така да разделите документите при източника, като по същество комбинирате всяка стойност в масив от записи по „тип“ за „вход“ и „изход“. Можете да направите това просто като използвате $map и $cond за да изберете полетата, след това $unwind масива и след това определете кое поле да „преброите“ отново, като проверите с $cond :

collection.aggregate([
  { "$project": {
    "dates": {
      "$filter": {
        "input": { 
          "$map": {
            "input": [ "in", "out" ],
            "as": "type",
            "in": {
              "type": "$$type",
              "date": {
                "$cond": {
                  "if": { "$eq": [ "$$type", "in" ] },
                  "then": "$inDate",
                  "else": "$outDate"
                }
              }
            }
          }
        },
        "as": "dates",
        "cond": { "$ne": [ "$$dates.date", null ] }
      }
    }
  }},
  { "$unwind": "$dates" },
  { "$group": {
    "_id": {
      "year": { "$year": "$dates.date" },
      "month": { "$month": "$dates.date" },
      "day": { "$dayOfMonth": "$dates.date" }
    },
    "countIn": {
      "$sum": {
        "$cond": {
          "if": { "$eq": [ "$dates.type", "in" ]  },
          "then": 1,
          "else": 0
        }
      }
    },
    "countOut": {
      "$sum": {
        "$cond": {
          "if": { "$eq": [ "$dates.type", "out" ]  },
          "then": 1,
          "else": 0
        }
      }
    }
  }}
])

Това е безопасен начин да направите това, който не рискува да нарушите ограничението за BSON, без значение какъв размер на данните изпращате към него.

Лично аз бих предпочел да стартирам като отделни процеси и да „комбинирам“ обобщените резултати поотделно, но това ще зависи от средата, в която работите, която не е спомената във въпроса.

За пример за „паралелно“ изпълнение можете да структурирате в Meteor някъде по следния начин:

import { Meteor } from 'meteor/meteor';
import { Source } from '../imports/source';
import { Target } from '../imports/target';

Meteor.startup(async () => {
  // code to run on server at startup

  await Source.remove({});
  await Target.remove({});

  console.log('Removed');

  Source.insert({
    "_id" : "XBpNKbdGSgGfnC2MJ",
    "po" : 72134185,
    "machine" : 40940,
    "location" : "02A01",
    "inDate" : new Date("2017-07-19T06:10:13.059Z"),
    "requestDate" : new Date("2017-07-19T06:17:04.901Z"),
    "outDate" : new Date("2017-07-19T06:30:34Z")
  });

  console.log('Inserted');

  await Promise.all(
    ["In","Out"].map( f => new Promise((resolve,reject) => {
      let cursor = Source.rawCollection().aggregate([
        { "$match": { [`${f.toLowerCase()}Date`]: { "$exists": true } } },
        { "$group": {
          "_id": {
            "year": { "$year": `$${f.toLowerCase()}Date` },
            "month": { "$month": `$${f.toLowerCase()}Date` },
            "day": { "$dayOfYear": `$${f.toLowerCase()}Date` }
          },
          [`count${f}`]: { "$sum": 1 }
        }}
      ]);

      cursor.on('data', async (data) => {
        cursor.pause();
        data.date = data._id;
        delete data._id;
        await Target.upsert(
          { date: data.date },
          { "$set": data }
        );
        cursor.resume();
      });

      cursor.on('end', () => resolve('done'));
      cursor.on('error', (err) => reject(err));
    }))
  );

  console.log('Mapped');

  let targets = await Target.find().fetch();
  console.log(targets);

});

Което по същество ще изведе към целевата колекция, както беше споменато в коментари като:

{
        "_id" : "XdPGMkY24AcvTnKq7",
        "date" : {
                "year" : 2017,
                "month" : 7,
                "day" : 200
        },
        "countIn" : 1,
        "countOut" : 1
}