Редактиране:За ваша информация:след като търсих два дни подред, без да намеря отговор, създадох билет за възможна грешка в Mongoose.js Github и те потвърдиха проблема ми. Според тях това е коригирано в новия кандидат за версия 4.0.0 , което не се препоръчва за продуктивна употреба. At всъщност реши проблема ми, но rc1 създаде още повече проблеми.
Моето решение досега:
Накрая бях толкова раздразнен от тази грешка, че промених цялата си кумулация на тази таблица, така че _id няма отделен from_node_id поле. Използвам from_node_id сега като ID директно.