Рестартирахте ли Flask / уеб сървъра, тъй като документите вероятно са кеширани в модула. Презаредете модула чрез рестартиране на уеб сървъра и тези дефиниции няма да са там и няма да изведе грешка - MongoEngine не съхранява информация за състоянието на схемата само в данните на mongoDB.