Представете си, че искате да изтриете целия документ с празно поле "име". И така, ето кода за него:
require 'rubygems'
require 'mongo'
db = Mongo::Connection.new("localhost").db("db_name")
coll = db.collection("coll_name")
coll.find({:name => ""}).each do |empty_doc|
coll.remove(empty_doc)
end